Индонезия е пренебрегваното родно място на професионалната палеоантропология. В Европа в средата на 19 век учените откриват за първи път изчезнал вид хоминид: неандерталци. Всъщност по-точно е да се каже, че вкаменелостите на неандерталците са намерени от миряни, които след това са ги довели до вниманието на известни анатоми. Едва през 1890 г. изследовател навлезе в полето за търсене на хоминидни кости. Юджийн Дюбойс, холандски лекар, пътува до Индонезия, тогава холандска колония, в търсене на човешки предци. През 1891 г. той открива вкаменелостите на Homo erectus и направи лова на хоминид правилно начинание - и направи Азия дестинация за палеоантрополозите.
Тринил: Откритията на Дюбоа са станали близо до село Тринил в централна Ява. Първата му находка беше черепна чаша, известна до момента от 700 000 до 1 милион години. Черепът изглеждаше човешки, но имаше дебели кости, тежки вежди и ниско наклонено чело. Година по-късно, през 1892 г., Дюбуа възстановява почти цялостната кост на бедрото, която изглежда почти модерна. Той реши, че костите принадлежат на изчезнал вид, който е „липсваща връзка“ между маймуните и хората. Той нарече вида Pithecanthropus erectus („човек с изправена маймуна“). Понякога наричан Java човек, днес видът се нарича Homo erectus .
Нгандонг: Холандските изследователи са открили повече вкаменелости на H. erectus, представляващи 15 индивида, в Ява през 30-те години на миналия век близо до село Нгандонг на река Сола на Ява. Доскоро палеоантрополозите смятаха, че костите на Нгандонг представляват съвсем скорошна популация от H. erectus . Смятащи се, че са може би най-малки преди 30 000 до 50 000 години, тези хоминиди биха могли да са съвременници на неандерталци и съвременни хора, живеещи в Европа и Западна Азия. Но по-скорошните полеви анализи и запознанства сочат, че хоминидите в Нгандонг са живели много по-рано, някъде преди 143 000 и 546 000 години.
Mojokerto: През 1936 г. асистент, работещ с Холандския геоложки преглед, откри частичен череп на две до тригодишно дете в източна Ява. Членът на екипа Ралф фон Кьонигсвалд, немски палеонтолог, разпозна черепа като принадлежащ на ранен хоминид, H. erectus . Въпреки че точното местоположение и следователно възрастта на вкаменелостта е поставено под въпрос през последните години, учените обикновено смятат, че черепът на Mojokerto е от преди около 1, 8 милиона години. Това го прави една от най-старите хоминидни кости, откривани извън Африка.
Сангиран: Между 1937 и 1941 г. фон Кьонигсвалд открива допълнителни вкаменелости на H. erectus на мястото на Сангиран в централна Ява. Находките включват три частични черепа, частични челюсти и десетки изолирани зъби. Тези вкаменелости, датирани преди повече от един милион години, помогнаха за потвърждаване на валидността на видовия статус на H. erectus . Днес туристите могат да посетят обекта на изкопаемите, който е дом на текущи разкопки, както и музей.
Флорес: Най-новото откритие на хоминид в Индонезия беше голям шок. През 2004 г. група изследователи от Индонезия и Австралия обявиха, че са открили необичайна колекция от фосили на индонезийския остров Флорес. Костите принадлежаха на хоминид с малък мозък, който беше висок по-малко от четири фута и тежеше под 70 килограма - все пак някои от вкаменелостите бяха едва на 17 000 години. Изследователите решили, че „хобитът“ принадлежи на нов вид, Homo floresiensis . След като прародителят на вида, може би H. erectus, пристигна на острова, хоминидът се превърна в по-малък като адаптация към живота на малък остров. Критиците обаче казват, че хобитът всъщност е съвременен човек с някакво разстройство на растежа.
